Gamtos tyrimų centro Ekologijos institutas – valstybinio mokslinių tyrimų instituto Gamtos tyrimų centro padalinys.
Lietuvos mokslų akademijos Gyvulininkystės ir veterinarijos institute 1952 m. spalio 1 d. įkurta Parazitologijos laboratorija. 1956 m. laboratorijos pagrindu Lietuvos MA Biologijos institute įkurta parazitologijos laboratorija su 5 skyriais: bendrosios, medicininės, veterinarinės parazitologijos, ichtioparazitologijos ir fitohelmintologijos. 1956 m. prie laboratorijos įkurta Lietuvos helmintologų draugija.
1959 m. reorganizavus Biologijos institutą įsteigtas Zoologijos ir parazitologijos institutas, nuo 1989 m. – Ekologijos institutas, nuo 2003 m. – Vilniaus universiteto Ekologijos institutas. Institutas turi savo leidyklą. Dirba 65 mokslininkai (2003 m.), iš jų 9 habilituoti daktarai.
Svarbiausios mokslinio tyrimo kryptys:
Institutas įvykdė ir tęsia nacionalines bei tarptautines programas:
Institutas bendradarbiauja su keliolika Europos ir JAV mokslo įstaigų, dalyvauja dešimtyje tarptautinių projektų.
Instituto tyrimų duomenys skelbiami tęstiniuose leidiniuose:
Owlapps.net - since 2012 - Les chouettes applications du hibou