A Liga Intercalar 2008/2009 foi a segunda edição da Liga Intercalar.
Nesta edição, em relação à época anterior, também entraram equipas do sul, em que disputaram o campeonato separadamente das equipas do norte, e a final opôs o vencedor de cada uma das Zonas.
O Campeonato de Inverno da Zona Norte realizou-se entre 8 de Outubro e 11 de Dezembro de 2008.
O sorteio das jornadas foi a 25 de Setembro de 2008:
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