La terza e ultima stagione della serie statunitense Agente speciale Sue Thomas, composta da 19 episodi è andata in onda negli Stati Uniti dal 3 ottobre 2004 al 22 maggio 2005 sul canale statunitense PAX TV. In Italia invece è stata trasmessa su Canale 5 nel 2006.
Quando l'assistente speciale dell'FBI Howie ha assistito all'omicidio di un contabile di una grande società, riuscendo anche a scappare, Sue e la squadra sono scettici sulla storia dell'uomo.
Sue e la squadra sospettano di alcuni terroristi dell'Europa orientale che sono stati collegati al traffico di organi. Poi, Sue e Lucy lottano per vivere con Anita, la loro ospite non annunciata e molto esigente.
Quando un gruppo ambientalista radicare fa saltare in aria un SUV, Sue e gli altri indaga con l'aiuto di uno dei feriti dei precedenti incendi del gruppo. Myles, con il suo colesterolo fuori scala, decide di apportare alcune modifiche al suo stile di vita alimentare.
Un agente federale sotto copertura di San Diego arriva a Washington per un'operazione che coinvolge spacciatori di droga. Jack si infastidisce con il nuovo agente quando inizia a mostrare interesse per Sue.
Un noto attore visita l'FBI per osservare come la squadra rintraccia una banda coinvolta nella vendita di armi da fuoco. Più tardi, quando la squadra viene a conoscenza di una possibile minaccia terroristica, l'attore s'interessa per Tara.
La squadra continua a indagare su un aereo scomparso che sembra essere collegato alla loro minaccia terroristica. Nel frattempo, si presenta il fidanzato di Tara.
Quando diverse donne vengono uccise in un modo simile, l'FBI scopre che si tratti di un serial killer. All'inizio le loro possibilità di catturare l'assassino sembrano scarse, ma lui entra in contatto con Sue attraverso lo stesso gioco di un altro serial killer.
Quando il marito dell'amica di Sue, muore per un incidente in barca, la squadra indaga sull'accaduto, approfondendo la storia coniugale. Nel frattempo, Bobby e Myles scortano due testimoni in un lungo viaggio in Arizona.
Sue e gli altri indagano sullo strano suicidio del figlio di un importante senatore durante il nonnismo di una confraternita del college. Nel frattempo, Sue riceve una lezione di genitorialità adolescenziale istantanea.
Mentre Myles affronta il vicino, una video registrazione presentata all'FBI porta molte piste possibili.
Continuando le indagini con un informatore appena scomparso, l'FBI cercano Jonathan colpito da amnesia mentre la sua memoria torna in una maniera lenta, fornendo sempre più indizi che potrebbero porre fine al caso.
L'FBI indaga su 2 attentati terroristici, mentre Miles intraprende un nuovo regime vitaminico per la salute.
Quando una giovane donna viene rapita in pieno giorno, Sue e gli altri indaga su una setta che crede di riportare una persona al suo vero, ma si scopre che potrebbe essere collegata ad altre sparizioni simili.
Dopo che un piccolo aereo si è schiantati in un campo della Virginia, la squadra scopre che conteneva un milione di dollari e una piccola scorta di droga. Nel frattempo, Randy chiede l'aiuto di Sue per prepararsi al suo appuntamento con una donna.
Dopo che un noto milionario tenta di rapinare una banca e viene ucciso dalla polizia, Sue e gli altri indagano sulla sua vita e trova alcune droghe sintetiche al centro di essa.
Sue e gli altri sono scioccati quando l'informatore di Sue, Troy, è stato arrestato per una rapina al minimarket. Darcy informa Bobby di un altro incarico che ha ricevuto in California che le interesserà.
Mentre si adattano ad un nuovo supervisore, Wayne Morris, la squadra indaga sul presunto omicidio di un senatore.
Lucy e Sue rintracciano un ex fidanzato della nonna di Lucy e la squadra su una serie di rapine in banca legate a tre adolescenti in una scuola superiore privata.
Sue scopre che le è stata offerta una promozione a New York, ma deve decidere se accettare l'incarico oppure rimanere a Washington. Però lei e gli altri indagano su un hacker che ha derubato a Jack la carta di credito.
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