Il 1564 (MDLXIV in numeri romani) è un anno bisestile del XVI secolo.
Carlo IX, re di Francia, rese obbligatoria la data del primo gennaio come primo giorno dell'anno.
Massimiliano II diventa Imperatore del Sacro Romano Impero, alla morte del padre Ferdinando I.
La matita moderna diventa comune in Inghilterra.
I Conquistadores oltrepassano il Pacifico.
Gli spagnoli fondano una colonia nelle Filippine.
25 gennaio – I Portoghesi fondano la città di San Paolo, in Brasile.
15 febbraio nascita Galileo Galilei
18 febbraio muore a Roma Michelangelo Buonarroti. Aveva 88 anni.
19 giugno – Posa della prima pietra dell'Almo Collegio Borromeo a Pavia.
18 settembre – Battaglia di Kawanakajima.
Jacques Le Moyne de Morgues fornisce il primo resoconto teorico sui nativi americani, osservazioni raccolte durante la spedizione di René de Laudonnière.
22 giugno – I coloni francesi abbandonano Charlesfort, primo tentativo francese di colonizzazione del Nuovo Mondo, e si stabiliscono nel Fort Caroline in Florida.
6 febbraio - Giorgio Gustavo del Palatinato-Veldenz, nobile tedesco († 1634)
15 febbraio - Galileo Galilei, fisico, astronomo e filosofo italiano († 1642)
9 marzo - David Fabricius, astronomo olandese († 1617)
15 marzo - Guglielmo Augusto di Brunswick, nobile tedesco († 1642)
23 aprile - William Shakespeare, drammaturgo e poeta britannico († 1616)
27 aprile - Henry Percy, IX conte di Northumberland, conte britannico († 1632)
27 maggio - Margherita Gonzaga, nobile italiana († 1618)
12 giugno - Giovanni Casimiro di Sassonia-Coburgo, duca († 1633)
23 luglio - Pellegrina Bonaventuri, nobile italiana
18 agosto - Federico Borromeo, cardinale italiano († 1631)
4 ottobre - John Gerard, gesuita e missionario inglese († 1637)
7 ottobre - Mariano Valguarnera, oratore, filologo e storico italiano († 1634)
14 ottobre - Berlinghiero Gessi, cardinale e vescovo cattolico italiano († 1639)
15 ottobre - Enrico Giulio di Brunswick-Lüneburg, vescovo luterano tedesco († 1613)
26 ottobre - Hans Leo Hassler, compositore e organista tedesco († 1612)
3 novembre - Francisco Pacheco del Río, pittore spagnolo († 1644)
11 novembre - Martinus Smiglecius, filosofo polacco († 1618)
24 dicembre - Erminio Valenti, cardinale e vescovo cattolico italiano († 1618)
25 dicembre - Abraham Bloemaert, pittore olandese († 1651)
25 dicembre - Johannes Buxtorf, ebraista e docente tedesco († 1629)
31 dicembre - Ernesto II di Brunswick-Lüneburg, duca († 1611)
9 gennaio - Margaret Audley, duchessa di Norfolk, nobildonna inglese (n. 1540)
21 gennaio - Tommaso Campeggi, vescovo cattolico italiano (n. 1481)
17 febbraio - Pier Francesco Riccio, funzionario, letterato e presbitero italiano (n. 1501)
18 febbraio - Michelangelo Buonarroti, pittore, scultore e architetto italiano (n. 1475)
20 febbraio - Diego López de Zúñiga, spagnolo
22 febbraio - Johann Glandorp, umanista, teologo e educatore tedesco (n. 1501)
4 marzo - Gian Francesco Alois, letterato italiano
5 marzo - Friedrich Staphylus, teologo tedesco (n. 1512)
6 marzo - Agostino Ricchi, commediografo e medico italiano (n. 1512)
27 marzo - Çelebi Lütfi Pascià, politico e militare ottomano
5 aprile - Giovan Girolamo de' Rossi, vescovo cattolico e umanista italiano (n. 1505)
27 aprile - Lelio Ottaviano Guasco, vescovo cattolico italiano (n. 1511)
2 maggio - Rodolfo Pio, cardinale e arcivescovo cattolico italiano (n. 1500)
11 maggio - Leone Orsini, vescovo cattolico e letterato italiano (n. 1512)
27 maggio - Giovanni Calvino, umanista e teologo francese (n. 1509)
10 luglio - Egidio Falcetta, vescovo cattolico italiano
21 luglio - Martim Afonso de Sousa, navigatore portoghese (n. 1500)
23 luglio - Eleonora di Roucy, nobile francese (n. 1535)
25 luglio - Ferdinando I d'Asburgo, imperatore (n. 1503)
31 luglio - Luis de Velasco, spagnolo (n. 1511)
6 settembre - Giacomo di Nevers, nobile francese (n. 1544)
7 settembre - Jean de Tournes, tipografo e editore francese (n. 1504)
8 settembre - Mathurin Cordier, teologo e umanista francese
26 settembre - Bibliander, teologo, traduttore e linguista svizzero (n. 1506)
19 novembre - John Grey di Pirgo, nobile inglese (n. 1523)
22 dicembre - Egidio Foscarari, teologo e vescovo italiano (n. 1512)
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