在日本的军国主义时代,尤其是在中国抗日战争和太平洋战争期间,大日本帝国在许多亚太国家均犯下了战争罪行。这些事件中相当一部分被西方描述为“亚洲的犹太人大屠杀”。日军在19世纪后期亦曾犯下过一些战争罪行,但绝大部分战争犯罪和大屠杀均发生在昭和时代前期。
裕仁天皇领导下的日本陆海军曾犯下了无数战争罪行,导致了数百万人丧生。一些对历史上日本战争罪行所造成的死亡人数的估计范围从300到 1400万不等,这些死亡人数主要是由当时日本军队和政府直接实施或间接纵容的屠杀、虐待、人体实验、人为饥荒、奴役以及强迫劳动所造成的。一些日本士兵在战后曾承认过犯下这些罪行。日本的陆海军飞行战队的飞行员通常不被列为战犯,因为在二战之前或期间不曾有过具体明确的国际人道法以条文方式禁止不人道地非法进行空战。尽管如此,陆军飞行战队在第二次世界大战期间亦曾参与了对敌国国民的化学和生物攻击,并在战争中屡次使用一些被日本更早以前签署的国际协定所禁止的杀伤性武器,其中包括海牙公约(1899年和 1907 年),禁止在战争中使用“毒药或有毒武器”。
自1950年代以来,日本政府高级官员曾多次为该国的战争罪行道歉。日本外务省表示,日本承认其在二战期间造成了“巨大的破坏和苦难”,特别是在进入南京时,日本士兵杀死了大量非战斗人员并从事抢劫和强奸。话虽如此,日本政府中的一些自民党成员,例如前首相小泉纯一郎和安倍晋三,都曾参拜过备受争议的靖国神社。此外,一些日本历史教科书仅对各种战争罪行提供了简要的提及,另有一些自民党党员否认了日军暴行,例如否认日本政府直接参与绑架妇女充当“慰安妇”。
下表包括日本在东亚和東南亞等地的戰爭暴行。
1868年明治维新后,日本迅速发展成为亚洲的军事强权,并采取对外侵略政策。日本历史上第一次重要的对外战争是发生在1894年的甲午战争,在军事上发展迅速的日本,击败了中国的北洋水师,1894年11月,日军占领旅顺,进行四天三夜的旅順大屠殺,超过二万人遇害,屠杀过后全市仅剩三十六人被留下埋葬居民尸体,遇难者葬于白玉山东麓的安葬岗,今称“萬忠墓”。最终清政府被迫割让台湾、澎湖与辽东半岛(后以三千万两白银赎回),并且赔巨款两亿两白银。
1904年到1905年,日本与俄罗斯帝国因在满洲的利益而爆发日俄战争,日本最终获胜。这是亚洲军事强权首次击败一个欧洲大国。虽然当时的清政府宣布中立,但实际上两国战场却在中国国境内,日、俄两国都在战争时期肆意杀害被己方单方面认为是间谍的中国公民,激起了当时中国民众的强烈愤怒,著名作家鲁迅更指出他本人是由于看到日军残杀中国公民时国人的麻木感而弃医从文。1910年,日韓合併。
1927年,田中义一出任日本內閣總理大臣,并且主持了“东方会议”,目的在于讨论军事行动事宜。1929年,著名的《田中奏折》被披露,在这份呈昭和天皇的秘密奏章中,田中认为日本如要称霸世界,必须先征服中国,还具体规划了侵华的基本战略。1931年9月18日,日本占領了满洲。该奏折被披露后引发当时社会各阶层的强烈反应。现代史家多认为该奏折系伪造。
日本无限制对外扩张激起了被侵略国家人民的强烈抵抗。中日《马关条约》签订后,台湾绅士丘逢甲就上书朝廷表示不满,台北民众鸣锣罢市,最后自组军队,成立台湾民主国以反抗。日本最后派出军队平定亂事,獲得台湾控制權。
在朝鲜半岛,反日情绪同样高涨。1905年朝鲜沦为日本的保护国,次年日本就在朝鲜设「总监府」,伊藤博文任首任统监,结果全朝鲜都爆发了激烈的抗日运动。1907年,高宗派人秘密参加海牙世界和平会议,请求西方国家帮助朝鲜恢复独立,但结果却是皇帝被日本逼迫退位、以及日本更高压的统治。1909年3月26日,朝鮮人安重根在哈尔滨火车站暗杀了伊藤博文,不久朝鲜亲日派总理李完用也被刺受伤。1919年3月1日爆发了三一运动,京城市民和学生在塔洞公园宣读了《独立宣言》及举行了示威游行,遭到日本方面的武力鎮壓、柳寬順等人被殺,而整个事件的余波一直到1920年才完全平息下来。三十年代起,李红光、崔庸健、金日成等共产党人又组织了抗日游击队,在中国东北和朝鲜边境地区活动,试图用武力抗击日本。此外还有祖国光复会、祖国解放团等多个抗日团体,在上海又设立了大韩民国临时政府。
1928年5月3日國民革命軍北伐途中经过山东济南时,日本方面借口革命军对城内的日本侨民进行“抢劫”,而出动军队展开报复,蓄意屠杀中国军人与民众六千余人的事件,史称五三慘案,又称济南惨案。其中,中國国民党战地政务委员会派遣济南的外交处处长兼国民政府外交部特派山东交涉员蔡公时及署内职员17人被日军虐杀。惨案发生后,日方否认日军屠杀中国军民,并要南京国民政府道歉、赔偿、惩凶,并于5月11日攻占济南。直至次年3月,南京国民政府与日本政府签订《中日济案协定》之后,日军才退出济南。
中华民国国民政府於1938年底西遷陪都重慶之後,倚靠四川以及長江中游的資源與天險優勢與日軍進行僵持;為了有效打擊重慶政府的作戰意志,因此日軍選擇对當時中國政府首都重慶进行戰略轰炸意圖逼迫中國政府投降,但是在科技條件無法配合下日軍的戰略轟炸成效有限,重慶的主要設施也未因此受到致命毀損,只是很多民居因被炸毁,有不少無辜市民也因走避不及而斃命。據不完全統計,在1938年至1943年間约1万多重庆居民死于轰炸。
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