La Copa Intercontinental de Futsal de 2006 corresponde a la novena edición del trofeo y a la tercera Copa Intercontinental de Futsal reconocida por la FIFA. Todos los encuentros se jugaron en el Gimnasio Arena Multiusos de Brusque (Santa Catarina), Brasil. La competición fue organizada por la CBFS (Confederación Brasileña de Fútbol de Sala). Se disputó del 6 al 9 de abril.
Los participantes fueron:
6 de abril
7 de abril
8 de abril
9 de abril
5º y 6º puesto (3ª del Grupo A - 3º del Grupo B)
3º y 4º puesto (2º del Grupo A - 2º del Grupo B)
Final (1º del Grupo A - 1º del Grupo B)
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