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Herramientas de diseño de CRISPR-Cas
Las herramientas de diseño de CRISPR-Cas son plataformas de software informático y herramientas bioinformáticas que se utilizan para facilitar el diseño de ARN guía (ARNg) para su uso con el sistema de edición de genes CRISPR / Cas.
CRISPR-Cas
El sistema CRISPR / Cas (repeticiones palindrómicas cortas agrupadas regularmente interespaciadas / nucleasas asociadas a CRISPR) se descubrió originalmente como un mecanismo de respuesta inmune adquirida utilizado por archaea y bacterias. Desde entonces ha sido adoptado para uso como herramienta en la ingeniería genética de organismos más altos.
El diseño de un ARNg apropiado es un elemento importante de la edición de genoma con el sistema CRISPR / Cas. Un ARNg puede tener interacciones no deseadas ("fuera de los objetivos") con otras ubicaciones en el genoma de interés, y a veces las tiene. Para un ARNg candidato dado, estas herramientas producen su lista de posibles objetivos no deseados en el genoma, lo que permite al diseñador evaluar su idoneidad antes de embarcarse en experimentos.
Los científicos también han comenzado a explorar la mecánica del sistema CRISPR / Cas y cuales factores determinan qué tan bueno o activo es un ARNg para dirigir la nucleasa Cas a una ubicación específica del genoma de interés.[1][2] Como resultado de este trabajo, se han publicado nuevos métodos para evaluar un gRNA por su 'actividad', y ahora es una buena práctica considerar tanto las interacciones no deseadas de un gRNA como la actividad prevista de un gRNA en la etapa de diseño.
Tabla
La siguiente tabla enumera las herramientas disponibles y sus atributos.
Véase también
- Edición génica CRISPR
Referencias
Text submitted to CC-BY-SA license. Source: Herramientas de diseño de CRISPR-Cas by Wikipedia (Historical)
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