ニューヨーク市地下鉄S系統(ニューヨークしちかてつSけいとう、シャトル系統)はニューヨーク市地下鉄の運行系統の一つ。カラーはダーク・スレート・グレー。公式には3つの系統(うち2つは常時運行、1つは深夜運休)がS系統とされており、さらに4つの系統が深夜のみシャトルとして運行しているが、深夜のみ運行するシャトルにはS系統の系統記号が用いられない。
かつて地下鉄建設中にのみ運行されたシャトルにもS系統やSS系統が割り当てられた。1985年以前は全てのシャトルにSS系統が用いられ、S系統はアケダクト競馬場駅行きのINDの列車を含む特別列車 ("special") に用いられた。1967年にクリストファー・ストリート・コネクションが全通し全ての運行系統に系統記号が導入され、この時初めてSS系統が登場した。
かつては以下の運行系統にS系統またはSS系統が割り当てられていた。
シャトル系統のうち一部はH系統またはHH系統が割り当てられ、これらが最後にインディペンデント・サブウェイ・システムに割り当てられた系統記号となった。これらの系統記号は1936年から1946年まではコート・スクエア・シャトルに、1967年からは1993年に青色にSの系統記号に変更されるまでロッカウェイ・パーク・シャトルに割り当てられていた。2012年11月にはハリケーン・サンディによりロッカウェイズ(ロッカウェイ半島)に接続する線路が被害を受けたため臨時運行されたシャトルにH系統が割り当てられた。
トランジット・オーソリティが全運行系統に系統記号を割り当てた際、「シャトル」と認めるには全長が長すぎると考えられたため3番街高架線には8系統が割り当てられた。しかし、同線を走行する列車の方向幕には「8」ではなくSHUTTLEが表示された。この系統は1973年に廃止された。
3系統が登場するまではレノックス・ターミナル・シャトル(レノックス・シャトル、レノックス・アベニュー・シャトルとも)が148丁目駅と135丁目駅を結んでいた。1968年5月13日より前は145丁目駅が終点であったため145丁目シャトルと呼ばれ、運行時間は午後9時から午前1時までであった。1918年までにこの運行系統が設定されたが、IRTホワイト・プレインズ・ロード線がIRTレノックス・アベニュー線と接続された1905年から運行が開始されていたとされる。
1969年から1972年にかけて3系統に統合され、当時はシャトルとして運行された。1995年9月10日に3系統の深夜運行が中止されたが、その後2008年7月27日に運行が再開された。この間には代わりに無料の夜行シャトルバスが運行された。
1969年10月3日にBMTマートル・アベニュー線マートル・アベニュー-ブロードウェイ駅以南の運行が中止されると、MJ系統が廃止され現在の深夜・週末のみ運行のM系統のシャトルが誕生した。しかしこの系統にはSS系統が割り当てられ、1973年に両系統が統合されるまでM系統とは別の系統と考えられていた。
このシャトルは1999年5月から9月までウィリアムズバーグ橋の修復工事に伴い運行された。運行時間は毎日午前6時から午後10時まで、運行区間はエセックス・ストリート駅~ブロード・ストリート駅(週末はチェンバーズ・ストリート駅)間であった。エセックス・ストリート駅でB39系統のバスに乗り換え、橋を渡ってJ系統が利用可能なマーシー・アベニュー駅に向かうことができた。
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